РПЦ, образована 11 июня 1993 г. в границах Республики Марий Эл отделением от Казанской и Марийской епархии (см. Казанская и Татарстанская епархия). Кафедральный город - Йошкар-Ола (в 1584-1919 Царёвококшайск, в 1919-1927 Краснококшайск), кафедральные соборы - Вознесения Господня в Йошкар-Оле, во имя свт. Николая Чудотворца в г. Волжске. Правящий архиерей - архиеп. Иоанн (Тимофеев; на кафедре с 1993, с 2004 в сане архиепископа). Епархия разделена на 5 благочиннических округов: Йошкар-Олинский (Йошкар-Ола), Горномарийский (Горномарийский и Юринский р-ны), Луговомарийский (Килемарский, Оршанский, Медведевский р-ны), Волжский (Волжский, Звениговский, Моркинский р-ны), Северо-Восточный (Советский, Новоторьяльский, Сернурский, Параньгинский, Мари-Турекский р-ны). К 1 янв. 2011 г. в Й.-О. и М. е. действовали 88 приходов, 2 мон-ря, клир епархии составляли 108 священников, 17 диаконов.
25 июля 1993 г. во епископа Йошкар-Олинского и Марийского был хиротонисан Иоанн (Тимофеев) в храме в честь Рождества Пресв. Богородицы в с. Семёновка (в наст. время входит в городской округ Йошкар-Ола), являвшемся в 1960-1993 гг. 2-м кафедральным храмом Казанско-Марийских епископов. Хиротонию возглавил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Первоначально храм в Семёновке был кафедральным для Йошкар-Олинского епископа, здесь же размещалось епархиальное управление. Это было обусловлено тем обстоятельством, что ко времени образования епархии в столице Марий Эл действовал лишь небольшой храм в честь Воскресения Христова. В 1995 г. кафедра была перенесена в Йошкар-Олу.
В 1993-2008 гг. число приходов в Марий Эл возросло с 30 до 85, почти в 3 раза увеличилось количество священнослужителей (до 98 священников и 14 диаконов). В 1994 г. был восстановлен Мироносицкий в честь Нерукотворного образа Спасителя жен. мон-рь в с. Ежове (близ Йошкар-Олы); к празднованию 350-летия явления Мироносицкой (см. Царевококшайская) иконы Божией Матери в 1997 г. в обители был отреставрирован 2-этажный храм. после прошедшего в Мироносицком мон-ре 19 сент. 2002 г. торжества прославления новомучеников, пострадавших за веру Христову в Марийском крае, в обители была сооружена первая в епархии часовня в честь новомучеников Марийских; в июле 2008 г. в центре Йошкар-Олы был торжественно открыт памятник Марийскому еп., викарию Нижегородской епархии, сщмч. Леониду (Антощенко). Второй обителью Й.-О. и М. е. стал построенный в 1997-1999 гг. Килемарский Богородице-Сергиев муж. мон-рь. В авг. 1998 г., впервые после 1928 г., на территории Марий Эл состоялся крестный ход: из Вознесенского собора Йошкар-Олы в Килемарскую пуст. была перенесена чудотворная икона «Явление Пресв. Богородицы прп. Сергию Радонежскому» (в нач. XX в. икона находилась в царёвококшайском Богородице-Сергиевом жен. мон-ре, закрытом в 1921). В 1995 г. возобновилось богослужение в отреставрированной Вознесенской ц. (XVIII в.) в Йошкар-Оле, получившей статус кафедрального собора. На месте Воскресенского собора, разрушенного в 1961 г., в столице Марий Эл в 1990 г. епархия построила временное молитвенное здание, в 2010 г. храм был полностью восстановлен, в нем устроена нижняя ц. в честь Покрова Пресв. Богородицы. Началось возведение Благовещенского собора. Епархия поддерживает тесные контакты с вооруженными силами и правоохранительными органами республики, в 1998 г. еп. Иоанн освятил 1-й в республике тюремный храм в честь иконы Божией Матери «Утоли моя печали». При городской и республиканской больницах в Йошкар-Оле существуют молитвенные комнаты, при больнице в Волжске построен храм. При Марийском гос. техническом ун-те в 2005 г. был освящен домовый храм во имя мц. Татианы, получивший статус архиерейского подворья. В 2006 г. построен Успенский храм на территории Дома правительства Марий Эл. В наст. время в Марий Эл действует более 80 церквей и часовен, в т. ч. 10 храмов в столице, 12 храмов в Горномарийском р-не. Значительное число бывш. церковных зданий в Марий Эл, особенно в луговой части, находится в полуразрушенном состоянии.
При епархиальном управлении работают отделы: информационно-издательский, по работе с молодежью, социального служения, по взаимодействию с правоохранительными органами и вооруженными силами, миссионерский, религиозного образования, а также комиссии: по переводу Свящ. Писания на марийский язык, по канонизации святых.
С 1996 г. издается газ. «Мироносицкий вестник» (с 2010 журнал), с кон. 90-х гг. XX в. по местному телевидению транслируется правосл. телепередача «Преображение», с 2005 г. выходит в эфир радиопередача «Благовест». В крупных городах епархии организованы правосл. центры, при которых открыты воскресные школы, б-ки, благотворительные столовые, творческие кружки. Сотрудники центров патронируют многодетные семьи, больницы, дома инвалидов. В епархии действуют 2 братства - Мироносицкое в Йошкар-Оле (основано в дек. 1993) и братство иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» в Волжске. При Мироносицком братстве организованы правосл. миссионерский центр со школой для правосл. учителей, курсы сестер милосердия, курсы катехизаторов и преподавателей основ Православия. В 2000 г. в Йошкар-Оле открылась гимназия имени прп. Сергия Радонежского. Усилиями студентов Марийского гос. ун-та по благословению архиеп. Иоанна создан студенческий правосл. просветительский клуб «Возрождение», издающий газ. «Возрождение». С 2003 г. епархиальный отдел религ. образования и катехизации проводит 3-годичные курсы, на которых работникам образовательных учреждений преподаются начальные богословские знания. С 1998 г. в рамках празднования Дней славянской письменности и культуры в Йошкар-Оле проходит ежегодная научно-богословская конференция «Христианское просвещение и русская культура».
В связи с широким распространением среди марийцев православно-языческого синкретизма (двоеверие) и собственно язычества, имеющего сильные позиции в ряде районов республики, в первую очередь в луговой части (Заволжье), важнейшим направлением пастырской деятельности духовенства Й.-О. и М. е. является миссионерство. В ходе социологического опроса в Марий Эл в 2004 г. 51% населения назвали себя православными, 12% - двоеверами (самоназвание), 3-4% - язычниками (самоназвание - чимари), 6% - мусульманами, 5% не определились в отношении религии, ок. 20% назвали себя неверующими. Большинство язычников и двоеверов живет в луговой части республики. Подавляющее большинство горных марийцев являются православными (79% жителей Горномарийского р-на назвали себя православными, 2% - язычниками, 14% - двоеверами). Двоеверы наряду с посещением богослужения в правосл. храмах ходят для совершения языческих ритуалов в «священные рощи», считая, что т. о. они по-разному поклоняются одному Богу. Двоеверие может выражаться в полном уподоблении языческих божеств Св. Троице и правосл. святым. Так, марийцы-двоеверы отождествляют Бога Отца с верховным богом Кугу-Юмо (Великий бог), Бога Сына - с божеством Серлагиш (Спаситель) и с божеством судьбы Кугу-Пуршо, Пресв. Богородицу - с богиней плодородия Шочин-Ава-Юмо, свт. Николая - с божеством семьи и т. д. В представлении луговых марийцев-двоеверов свт. Николай и Пресв. Богородица, как Она изображена на Ее Казанской иконе, до такой степени соответствуют языческим божествам, что имеют, подобно последним, прислужников. Мн. правосл. праздники слились в сознании марийцев с языческими: Рождество Христово может отождествляться с праздником Шорык-Йолом, Пасха - с праздником Кугече (теперь это марийское название Пасхи) и т. д. Двоеверы нередко используют в магических целях св. воду, перед иконами святых иногда совершают возлияния вина и принесение в жертву домашней птицы, хлеба. Среди двоеверов, как и среди язычников, много ворожей, гадалок, знахарей.
С целью миссионерско-просветительской деятельности среди двоеверов и язычников в 90-х гг. XX в. в Й.-О. и М. е. была возобновлена начатая в XIX в. работа над переводом Свящ. Писания и богослужебной лит-ры на национальные языки марийцев - горномарийский и луговомарийский. В 1990 г. Ин-т перевода Библии издал Библию для детей на луговомарийском языке, в 1997 г. было выпущено Четвероевангелие на горномарийском языке. Трудами архим. Варлаама (Семёнова) из Козьмодемьянска в 1994 г. увидел свет молитвослов на горномарийском языке на основе молитвослова, изданного в 1892 г. Гурия Казанского свт. братством, но значительно расширенный: мн. молитвы, каноны и акафисты были переведены впервые. В 1993 г. был переиздан молитвослов на луговомарийском языке, выпущенный в 1908 г.
В 2001 г. по благословению еп. Иоанна при епархии была создана переводческая комиссия, состоящая из горномарийской и луговомарийской секций. Основными задачами комиссии, как и существовавшей 100 лет назад переводческой комиссии Православного просветительского об-ва в Казани, являются перевод правосл. лит-ры на национальные языки, а также миссионерская и просветительская деятельность посредством печатного слова. Епархиальная переводческая комиссия начала работу с выпуска периодического издания «Мироносиц лудыш» (Мироносицкое чтение), был напечатан молитвослов на луговомарийском языке (2001, 2005), тиражировались листовки для раздачи на крестных ходах. В 2002 г. вышла в свет Псалтирь на луговомарийском языке. После 3 лет совместной работы йошкар-олинской епархиальной переводческой комиссии с финно-угорским отделением Института перевода Библии (Хельсинки, Финляндия) в 2007 г. в Йошкар-Оле была издана новая редакция перевода НЗ на луговомарийский язык - «У Сугынь». «У Сугынь» читают в нек-рых храмах за литургией, изучают в школах и др. образовательных учреждениях. В 2009 г. по благословению архиеп. Иоанна издан новый вариант перевода Псалтири на горномарийский язык. Богослужение с использованием марийских языков совершается в ряде сельских приходов. На марийских языках произносятся проповеди, ведется преподавание в воскресных школах.
В Марий Эл особенно почитается чудотворная Царёвококшайская (Мироносицкая) икона Богоматери, явленная в 1647 г. на месте, где в 1649 г. по указанию царя Алексея Михайловича начал строиться Ежово-Мироносицкий муж. (ныне жен.) мон-рь. Традиция крестных ходов с Царёвококшайским образом имеет более чем 300-летнюю историю. В XIX в. икону носили в города Чебоксары и Цивильск Казанской губ., в Яранск Вятской губ., в Ардатов, Алатырь, Курмыш Симбирской губ. После 1917 г. явленная Царёвококшайская икона был конфискована властями. В Мироносицкую обитель, возрожденную в 1994 г., была передана чтимая копия образа, к-рую начиная с 1999 г. носят во время крестных ходов по Северо-Восточному, Йошкар-Олинскому и Луговомарийскому благочиниям. Почитаемой святыней Килемарской Богородице-Сергиевой пуст. является чудотворная икона «Явление Пресв. Богородицы прп. Сергию Радонежскому», перенесенная в монастырь в авг. 1998 г. из Вознесенского собора Йошкар-Олы.
С 1998 г. во всех благочиниях регулярно проводятся многодневные крестные ходы. В Волжском и Северо-Восточном благочиниях ежегодно совершается крестный ход со списком Седмиезерской Смоленской иконы Божией Матери, хранящимся в церкви в дер. Петьял Волжского р-на. В Горномарийском благочинии переносят чудотворную копию Владимирской иконы Божией Матери, хранящуюся в церкви в с. Владимирском Горномарийского р-на. Традиция крестных ходов с данным образом в Козьмодемьянске и окрестных селах существует с 1654 г., когда чудесным образом прекратился мор; официально крестный ход был установлен в 1719 г. В неск. районах Луговомарийского благочиния с 2009 г. совершается крестный ход с чтимой иконой Успения Божией Матери из церкви в с. Красная Речка Оршанского р-на. Крестные ходы имеют большое миссионерское значение, поскольку во время шествия в походном храме и в приходских храмах проводятся богослужения на церковнослав. и марийских языках, совершаются таинства исповеди, причастия, крещения. В 1993-2001 гг. в Моркинском, Сернурском, Мари-Турекском, Оршанском р-нах республики при проведении крестных ходов крестилось до 700 чел. ежегодно; в последнее время крестится до 40 чел. ежегодно.
На территории епархии имеется не менее 10 св. источников. Наиболее известны Мироносицкий источник близ Ежово-Мироносицкого монастыря и Куженерский источник в честь вмч. Пантелеимона на месте бывш. Куженерского Николаевского монастыря. Славу чудотворных с XIX в. имеют также Казанско-Богородичный источник близ пос. Советский Советского р-на, Пантелеимоновский источник в дер. Бахтино Новоторьяльского р-на, источник в честь Смоленской Седмиезерской иконы Божией Матери в с. Петьял, Михаило-Архангельский источник в дер. Часовня Сернурского р-на, Никольский источник в с. Нартас Мари-Турекского р-на, Никольский источник в дер. Корта Медведевского р-на, Александро-Невский источник в с. Аксаево Горномарийского р-на, Иверско-Богородичный источник в с. Упша Оршанского р-на. С 1993 г. над источниками и родниками в епархии освящены 62 часовни и купели.
С кон. XIX в. среди марийцев как на территории Й.-О. и М. е., так и в соседней Вятской епархии широко распространено почитание замученной язычниками за переход в христианство марийской девушки Марии. Над каменным склепом на ее могиле в дер. Лядовская (Лядова, ныне в черте г. Советск Кировской обл.) стояла деревянная часовня, после 1917 г. она была разрушена, ныне восстановлена.
Действующие: Мироносицкий в честь Нерукотворного образа Спасителя (женский, в с. Ежово Медведевского р-на, основан в 1649, закрыт в 1924, возрожден в 1994), Килемарская Богородице-Сергиева пуст. в честь Явления Пресв. Богородицы прп. Сергию Радонежскому (мужская, между с. Кумья и дер. Б. Памьялы Килемарского р-на, открыта в 1999).
Упраздненные: Больше-Юнгинская Покровская пуст. (мужская, в устье р. Б. Юнга, при резиденции Суздальских епископов, ныне с. Покровское Горномарийского р-на, основана в 1607, упразднена в 1764); Ново-Спасский Мало-Юнгинский (мужской, с. М. Юнга (после 1764) совр. Горномарийского р-на, основан между 1625 и 1627, упразднен в 1764); Вознесенский (женский, в Козмодемьянске (ныне Козьмодемьянск), основан не позднее 1655, закрыт в 1764); скит во имя прп. Михаила Малеина (мужской, между современными слободой Хмелёвка Воротынского р-на Нижегородской обл. и дер. Барковка Горномарийского р-на Марий Эл, основан в 1671, упразднен в 1764, приписной к Хмелёвской Троицкой муж. пуст. в Васильгороде (ныне пос. Васильсурск)); Черноозерская Троицкая Ветлужская пуст. (мужская, на р. Ветлуге, на границе совр. Нижегородской обл. и Горномарийского р-на Марий Эл, в 1710 приписана к Казанскому архиерейскому дому); Мусерская Тихвинская пуст. (мужская, совр. дер. Мусь Килемарского р-на, основана не позже 1710, в 1726 приписана к Казанскому архиерейскому дому в качестве скита, упразднена в 1764); Ильинская пуст. (мужская, между современными дер. Токари Горномарийского р-на Марий Эл и с. Ильинка Моргаушского р-на Чувашии, основана в 1720, упразднена в 1764, приписная к Мало-Юнгинскому мон-рю); Богоявленский (мужской, в Козмодемьянске, упразднен в 1764); Свято-Троицкий (женский, в Царёвококшайске, упразднен в 1764); Сурский Михаило-Архангельский (мужской, на р. Сура, близ совр. дер. Нов. Слобода Горномарийского р-на, построен в 1868-1871, закрыт в 1921, возрождается с 2008); Свято-Троицкий (женский, в Козмодемьянске, образован в 1887, закрыт в 20-х гг. XX в.); Богородице-Сергиевский (женский, в царёвококшайске (Краснококшайске), основан в 1888 при богадельне, закрыт в 1921); Вершино-Сумский Введенский (женский, близ с. Вершино-Сумка, ныне выселок Революция Горномарийского р-на, основан в 1898, закрыт в 1921-1933); Аштавай-Нырская Николаевская пуст. (мужская, близ совр. выселка Октябрьский (Аштавай) Горномарийского р-на, основана в 1906, закрыта в 1921); Куженерский Николаевский (женский, близ совр. пос. Куженер Куженерского р-на, образован в 1910, закрыт в 1918).
На территории епархии 59 церквей относятся к категории памятников архитектуры федерального значения. Древнейшими из сохранившихся памятников каменного зодчества являются Стрелецкая Спасская часовня в честь Нерукотворного образа Спасителя в Козьмодемьянске, возведенная в 1697-1698 гг. (позднее неоднократно перестраивалась), Владимирская ц. в с. Владимирском Горномарийского р-на, построенная в 1713 г., и Троицкая ц. в Козьмодемьянске, построенная в 1739 г. Помимо каменных храмов сохранился ряд памятников деревянной архитектуры, в т. ч. древнейшая деревянная церковь края - Покровская в с. Кумья Килемарского р-на (построена в 1866, ныне в аварийном состоянии).